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iPodで自分の手持ちの映像をみたいときは、
ペガシスのTMPGEncシリーズで、TMPGEnc MovieStyleというソフトがあるのです
が、これでバッチリ可能です。手持ちの映像の内容を、このTMPGEnc MovieStyleに読ま
せると、字幕/音声やチャプタを選択してiPod用などにエンコードすることがで
きます。

http://tmpgenc.pegasys-inc.com/ja/product/tms.html